राष्ट्रीय जल अकादमी में स्थायी संकाय का चयन केन्द्रीय जल आयोग द्वारा चुनिंदा एवं विशिष्ट केन्द्रीय जल अभियान्त्रिकी सेवा समूह-‘क’ अधिकारियों, जिनका उत्कृष्ट शैक्षणिक रिकॉर्ड, जल संसाधन विकास और प्रबंधन में लंबे व्यावहारिक अनुभव और योग्यता के साथ प्रशिक्षण देने के लिए अच्छा संचार कौशल होना शामिल है, से किया जाता है |

स्थायी संकाय एक मुख्य अभियंता के नेतृत्व में आठ संकाय के रूप में जल विज्ञान एवं जल संसाधन, सिंचाई, जल विद्युत, सामाजिक आर्थिक एवं पर्यावरणीय पहलु तथा तन्त्र अभियान्त्रिकी जैसे विशेष विषयों को आवरित करने के लिए है | राष्ट्रीय जल अकादमी में शामिल स्थायी संकाय केन्द्रीय जल अभियान्त्रिकी सेवा समूह-‘क’ वर्ग के अधिकारी है जिन्हे जल के क्षेत्र में पर्याप्त पेशेवर / क्षेत्रिय अनुभव है |

स्थायी संकाय के अलावा, पाठ्यक्रम का समर्थन राष्ट्रीय जल अकादमी द्वारा आमंत्रित अतिथि संकाय द्वारा किया जाता हैं | अतिथि संकाय में प्रमुख अनुसंधान केन्द्रों और भारत के विश्वविद्यालयों के शिक्षाविदों एवं वैज्ञानिकों के साथ-साथ अन्य संगठनों / संस्थाओं / विभागों / गैर सरकारी संगठनों में अभ्यासरत पेशेवरों और विशेषज्ञों, जिसमें सेवानिवृत्त सरकारी अधिकारी भी होतें है, को शामिल किया जाता है |